A biodigestão é um processo complexo, que envolve diferentes grupos de microrganismos. Esse processo pode ser inibido pela composição do próprio substrato tais como insuficiência de micronutrientes, relação inadequada entre carbono e nitrogênio, presença demasiada de compostos tóxicos – tais como amônia livre – e baixo pH. Ainda, a operação de uma usina de biogás deve ser rigorosa, pois estresses como elevado carregamento orgânico e choques de temperatura podem ser fatais para a manutenção dos microrganismos responsáveis pelo processo.